Sveitarsjórn fer með stjórn sveitarfélagsins skv. sveitarstjórnarlögum nr. 45/1998. Sveitarstjórn kýs ýmsar nefndir og ráð til að fara með stjórn einstakra málaflokka í sínum umboði. Þeirra mikilvægust er byggðarráð sem fer með framkvæmdastjórn Sveitarfélagsins Skagafjarðar ásamt sveitarstjóra.
Sveitarstjóri er æðsti embættismaður sveitarfélagsins og jafnframt æðsti yfirmaður allra starfsmanna þess. Í umboði hans fara embættismenn með stjórn einstakra sviða og stofnana.

Stjórnkerfið er því tvískipt. Annars vegar er hið pólitíska vald sem sveitarstjórn fer með og aðrar nefndir og ráð í umboði hennar en meginhlutverk pólitíska kerfisins er að marka stefnuna og hafa eftirlit með því að henni sé fylgt. Hins vegar er embættiskerfið þar sem embættismenn sinna í umboði sveitarstjóra framkvæmd stefnunnar og rekstrinum innan þess ramma sem honum er settur.

NÝTT STJÓRNSKIPURIT FRÁ 1. SEPTEMBER 2012 ER AÐ FINNA HÉR.